Las moléculas CMH de clase II son unas de las dos clases primarias de complejos principales de histocompatibilidad, (las otras son las CMH de clase I). Esta familia de moléculas normalmente se encuentra sólo en células presentadoras de antígenos, tales como las células dendríticas, fagocitos mononucleares, algunas células endoteliales, células epiteliales del timo, y linfocitos B.
Los antígenos presentados por el CMH clase II derivan de proteínas extracelulares (no son citosólicas como en el caso del CMH I), por este motivo la vía de presentación de antígenos dependiente de CMH II se denomina endocítica o exógena.
La carga de las moléculas CMH II se produce por fagocitosis, las proteínas extracelulares son endocitadas, digeridas en los lisosomas, y los fragmentos epitópicos resultantes del péptido son finalmente cargados en las moléculas CMH II antes de su migración a la superficie celular.
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